Según los estudios realizados por la Universidad de Colorado EE.UU, la presencia del hombre en el área del parque se remota a la época Pre-Incaica entre los 1,000 a 400 años A.C. equivalentes al periodo formativo de cultura Peruana. Los restos arqueológicos encontrados de implementos de cultivo y granos carbonizados en el sitio arqueológico del Gran Pajatén, nos demuestran que los antiguos pobladores de esta zona se dedicaban a la agricultura desde el primer siglo de nuestra era. Esto sugiere que hubo un gran avance tecnológico, si tomamos en cuenta la fragilidad y la inestabilidad del suelo de la ceja de la selva por los derrumbes naturales que ocurren constantemente.

Hasta el momento se a descubierto identificado 36 sitios arqueológicos 29 de ellos en el pajonal depura 7 en el bosque continuo. Según los informes de las poblaciones adyacentes al parque existirían otros sitios arqueológicos en las nacientes de los ríos Abiseo, Tumac y otros.